Concluída a instrução processual e apresentadas as últimas razões escritas pela defesa, os oficiais membros da comissão elaboram e assinam o relatório final do Conselho de Disciplina. Esse documento técnico apresenta uma análise minuciosa de todas as provas colhidas ao longo do procedimento e manifesta o parecer do colegiado sobre a culpabilidade do militar acusado, opinando de forma expressa se a praça é culpada ou inocente das transgressões imputadas e se reúne condições para permanecer na ativa.
No entanto, o parecer emitido pela comissão de oficiais no relatório final possui caráter opinativo e não vincula de forma absoluta a decisão da autoridade administrativa de cúpula. O processo é encaminhado com o relatório à autoridade militar que determinou a instauração do conselho, que possui a competência legal para julgar o feito. Essa autoridade poderá acolher integralmente as conclusões do relatório, reformá-las parcialmente para aplicar punição diversa, determinar o arquivamento dos autos por falta de provas ou aplicar a sanção de exclusão da corporação.
Caso a decisão da autoridade julgadora acolha as conclusões desfavoráveis ao militar e decrete o seu desligamento, abre-se para o acusado a possibilidade de interposição de recurso administrativo dirigido ao Comandante da Força ou ao Secretário de Estado correspondente, visando a reforma da decisão por vício de legalidade ou desproporcionalidade. Esgotados os meios de impugnação administrativa, a exclusão é efetivada, abrindo-se a via do controle judicial para discutir a higidez do ato de punição extrema.