A intervenção do Poder Judiciário para anular atos praticados no curso de um Conselho de Disciplina constitui garantia constitucional amparada no princípio da inafastabilidade da jurisdição. Embora o mérito administrativo, compreendido como a conveniência e oportunidade da punição, seja preservado de intervenção judicial genérica, cabe ao magistrado realizar o controle de legalidade, a aferição da regularidade do procedimento e a verificação da estrita observância das garantias do contraditório, da ampla defesa e da proporcionalidade da pena.
A anulação judicial pressupõe a demonstração inequívoca de vício formal de gravidade relevante ou de flagrante desproporcionalidade da punição em relação à falta atribuída ao militar. Irregularidades na portaria de instauração, ausência de intimação do advogado para atos instrutórios, julgamento por colegiado composto por oficiais impedidos ou suspeitos e desrespeito aos prazos decadenciais e prescricionais previstos na legislação de regência configuram causas frequentes de reconhecimento de nulidade processual pela via judicial.
A atuação técnica deve, portanto, estruturar a petição inicial demonstrando que as irregularidades formais ocorridas no Conselho de Disciplina causaram prejuízo efetivo e concreto ao direito de defesa do militar, viabilizando o provimento judicial para declarar a nulidade da punição aplicada e determinar a imediata reintegração do militar aos quadros da ativa, com o restabelecimento de seus direitos funcionais e financeiros retroativos ao ato de exclusão ilegal.