O Processo Administrativo Disciplinar Militar desenvolve-se através de fases sucessivas, cuja ordem e formalidade devem ser rigorosamente respeitadas para garantir a validade do resultado final. O procedimento inicia-se com a fase de instauração, realizada por meio da publicação de uma portaria que descreve a acusação de forma genérica e nomeia a comissão processante que conduzirá os trabalhos investigativos.
A fase subsequente é a de instrução, que se caracteriza como a etapa mais densa e relevante do processo. Nela ocorre a citação formal do militar indiciado, a inquirição de testemunhas de acusação e de defesa, a colheita de provas periciais ou documentais e o interrogatório final do acusado. Concluída a instrução, a defesa é notificada para apresentar suas razões escritas, que consubstanciam a peça final de argumentação jurídica e análise probatória de primeira instância administrativa.
Após a defesa, a comissão processante elabora o relatório final opinativo, manifestando-se sobre a procedência da acusação e a culpabilidade do processado. A fase conclusiva do procedimento é o julgamento, realizado pela autoridade militar competente para homologar o relatório e aplicar a sanção correspondente ou arquivar o feito. O descumprimento de qualquer uma dessas etapas ou a inversão de sua ordem cronológica legal acarreta nulidade processual por violação do devido processo legal.