A instauração de um Inquérito Policial Militar ocorre sempre que houver notícia da prática de fato tipificado como crime militar na legislação penal castrense, seja no âmbito de uma unidade militar, seja no exercício de funções institucionais. O gatilho para a abertura do IPM pode decorrer de portaria de ofício emitida pela autoridade militar, de requisição do Ministério Público Militar, de determinação judicial ou de representação fundamentada contendo indícios de materialidade e autoria delitiva.
A caracterização da conduta como crime militar pressupõe o enquadramento do fato nas hipóteses previstas pelo Código Penal Militar, considerando-se critérios como a qualidade do agente, o local da infração e a natureza do bem jurídico afetado. Condutas que violam a integridade física de superiores ou subordinados, atos que afetam o patrimônio sob administração militar, acidentes de serviço envolvendo viaturas ou armamentos e acusações de desvio ou peculato configuram exemplos de fatos que determinam a instauração obrigatória da investigação.
O militar, seja oficial ou praça, temporário ou estável, assume a condição de investigado a partir do momento em que contra ele recaem indícios específicos de participação no fato delituoso sob apuração. A portaria inicial ou os atos de indiciamento devem especificar o contexto fático sob investigação, evitando-se averiguações genéricas ou sem justa causa, as quais podem ser objeto de trancamento imediato por meio de medidas judiciais apropriadas.