O Inquérito Policial Militar, em si mesmo, não possui caráter punitivo e não pode resultar na aplicação direta da sanção de exclusão das Forças Armadas ou das forças auxiliares, visto tratar-se de procedimento investigatório de polícia judiciária. A decisão final de exclusão da carreira militar, para militares estáveis, exige o julgamento de mérito por conselho de disciplina ou a condenação penal definitiva transitada em julgado perante a Justiça Militar competente, observados os ritos próprios.
Todavia, os elementos de prova colhidos no curso do IPM podem exercer influência determinante para a perda do cargo ou função. O relatório final da investigação, ao apontar indícios veementes de autoria e materialidade de crime infamante ou incompatível com a dignidade militar, costuma servir de suporte imediato para que o comando da organização militar instaure, de forma paralela, um Conselho de Disciplina ou de Justificação com fins de exclusão a bem da disciplina.
Dessa forma, a exclusão manifesta-se como desdobramento administrativo indireto dos fatos apurados na fase inquisitorial criminal. A desatenção do militar investigado com os atos do IPM pode, assim, pavimentar o caminho para sua demissão de ofício na esfera administrativa, tornando a presença de uma defesa técnica e especializada na fase investigativa o principal escudo para resguardar a estabilidade e a continuidade de sua trajetória funcional.