O rito processual penal militar inicia-se formalmente com o recebimento da denúncia oferecida pelo Ministério Público Militar, peça acusatória baseada nos elementos de convicção colhidos no IPM ou no auto de flagrante. Recebida a denúncia, o réu militar é citado para comparecer perante o Conselho de Justiça para o seu interrogatório judicial, ato que abre a fase de instrução processual penal militar.
Ao longo da instrução, realiza-se a oitiva das testemunhas indicadas pela acusação e pela defesa técnica, a juntada de novos documentos e a realização de eventuais perícias requeridas pelas partes. Concluída a fase de provas, abrem-se prazos para as alegações escritas, oportunidade em que a defesa consolida suas teses absolutórias com base na análise criteriosa das provas colhidas sob o crivo do contraditório judicial.
A sessão de julgamento constitui a fase derradeira de primeira instância, em que o Ministério Público Militar e o advogado de defesa realizam sustentação oral de suas teses perante o Conselho de Justiça. Após os debates orais, os membros do conselho reúnem-se em sessão secreta para proferir os votos e lavrar a sentença de mérito. Da decisão proferida pelo conselho, cabe a interposição de recurso de apelação dirigido ao Superior Tribunal Militar, órgão de cúpula da Justiça Militar Federal.