O militar submetido ao Conselho de Disciplina goza de um rol de garantias fundamentais protegidas pela Constituição Federal, as quais devem ser estritamente observadas pela comissão processante sob pena de nulidade absoluta de todo o procedimento administrativo. O primeiro e mais relevante direito é a notificação prévia de todos os atos processuais, assegurando que o acusado tenha conhecimento integral do teor das acusações e das provas já encartadas aos autos antes mesmo de apresentar sua defesa inicial. Esse direito à informação impede surpresas processuais e viabiliza a elaboração de uma estratégia defensiva adequada.
O acusado possui o direito de produzir todas as provas admitidas em direito para demonstrar a regularidade de sua conduta e rebater as imputações formuladas. Isso engloba a prerrogativa de arrolar testemunhas, requerer a juntada de novos documentos, solicitar a realização de perícias técnicas e exigir a acareação de pessoas que tenham prestado depoimentos contraditórios. O direito à prova assegura que a verdade real dos fatos seja debatida de maneira paritária, não permitindo que a comissão decida com base apenas em relatórios preliminares produzidos unilateralmente pela administração militar.
O direito ao silêncio e à não autoincriminação constitui outra garantia inafastável no âmbito do Conselho de Disciplina, impedindo que o militar seja coagido a produzir provas contra si ou a responder a perguntas cujas respostas possam prejudicar sua situação jurídica. A presença de um advogado especializado durante os atos instrutórios garante que essas prerrogativas constitucionais sejam respeitadas pela comissão de oficiais, servindo como barreira contra eventuais excessos decorrentes do rigor hierárquico inerente às instituições militares.