Por força do caráter inquisitorial e discricionário que rege a condução do Inquérito Policial Militar, o encarregado do procedimento dispõe de autonomia legal para decidir sobre a relevância e a conveniência das diligências e provas requeridas pela defesa do investigado. O oficial encarregado pode indeferir pleitos de inquirição de testemunhas, juntada de documentos ou realização de perícias complementares que considerar protelatórios, impertinentes ou desprovidos de utilidade para a elucidação do fato delitivo.
Contudo, essa discricionariedade do encarregado não possui natureza ilimitada ou arbitrária. O indeferimento de provas essenciais à demonstração da inocência ou de circunstâncias de exclusão de ilicitude deve ser fundamentado por escrito de forma técnica e objetiva nos autos do inquérito. A rejeição sistemática de pedidos defensivos sem justificativa idônea configura evidente cerceamento de defesa e abuso de poder, autorizando a impetração de medidas judiciais cabíveis para garantir a produção da prova indispensável.
A atuação do advogado no curso do IPM envolve a formulação de pedidos de diligências devidamente fundamentados, demonstrando o nexo de causalidade entre a prova pretendida e a elucidação da verdade real. O registro formal dessas petições e de seus eventuais indeferimentos serve de lastro probatório para arguição de nulidades em etapas processuais posteriores perante a Justiça Militar, enfraquecendo a higidez de eventual denúncia oferecida pelo Ministério Público Militar.