No âmbito do Processo Administrativo Disciplinar Militar vigora o princípio da busca da verdade real, o que permite a utilização de todos os meios de prova admitidos pelo direito, desde que obtidos de forma lícita e em respeito às garantias do contraditório e da ampla defesa. A instrução probatória do PAD envolve a produção de prova documental, o depoimento de testemunhas de acusação e de defesa, a realização de exames periciais técnicos e a oitiva do militar indiciado. A utilização da chamada prova emprestada, que consiste no aproveitamento de elementos colhidos em outros procedimentos administrativos ou em ações judiciais correlatas, também é amplamente admitida na esfera do direito administrativo disciplinar militar, desde que preenchidos requisitos estritos fixados pelo Poder Judiciário.
A defesa do militar deve exercer controle rigoroso sobre a regularidade das provas produzidas e trazidas para o PAD. A impugnação tempestiva de provas ilícitas, de laudos unilaterais desprovidos de embasamento técnico ou de depoimentos de testemunhas suspeitas constitui providência técnica fundamental para garantir que o julgamento do conselho ou da comissão processante apoie-se em bases fáticas idôneas e isentas.