A distinção fundamental entre o Inquérito Policial Militar e o inquérito policial comum conduzido pela Polícia Civil ou pela Polícia Federal reside na esfera de competência, na legislação processual aplicável e no perfil da autoridade que conduz as investigações. O IPM é regido pelas normas especiais contidas no Código de Processo Penal Militar e destina-se exclusivamente à apuração de crimes militares, enquanto o inquérito comum submete-se ao Código de Processo Penal e apura infrações penais comuns.
Ademais, no inquérito policial comum, a presidência dos atos investigatórios é exercida privativamente por um Delegado de Polícia, profissional de carreira com formação específica em Direito. No IPM, a investigação é conduzida por oficial das Forças Armadas ou das corporações militares estaduais, que, na maioria das vezes, não possui graduação jurídica, sendo assessorado por escrivão designado para a elaboração dos atos.
Essa particularidade estrutural do IPM exige da defesa técnica uma postura ainda mais atenta e combativa. A ausência de formação jurídica específica por parte da autoridade policial militar encarregada da investigação pode resultar em equívocos na capitulação das condutas, no descumprimento de prazos decadenciais ou no atropelo de formalidades essenciais, cabendo ao advogado do investigado apontar e sanar tais inconformidades com rigor técnico.