Existe um questionamento recorrente na caserna sobre a possibilidade de a sindicância militar resultar na aplicação direta de uma sanção de natureza disciplinar, sem a necessidade de instauração de um processo administrativo complexo subsequente. A legislação e a jurisprudência pátria admitem que a sindicância sirva de instrumento para a aplicação de punições disciplinares a militares de caráter não estável, contanto que o procedimento tenha assegurado o exercício efetivo do contraditório e da ampla defesa ao investigado ao longo de sua instrução sumária.
Dessa forma, fica claro que a sindicância não é um procedimento inofensivo. Caso a autoridade militar decida aplicar uma punição diretamente ao fim da sindicância, ela estará obrigada a demonstrar que o militar teve a oportunidade de apresentar razões de defesa e de contestar as provas colhidas, sob pena de nulidade do ato de licenciamento ou da sanção imposta.